关于基因测序的几个问题!1.在建库过程中,我们是先对RNA进行片段化后合成cDNA还是先用RNA合成cDNA再对cDNA进行片段化?为什么要这样做?2.什么是index测序和非index测序,进行index测序的主要目的是

关于基因测序的几个问题!1.在建库过程中,我们是先对RNA进行片段化后合成cDNA还是先用RNA合成cDNA再对cDNA进行片段化?为什么要这样做?2.什么是index测序和非index测序,进行index测序的主要目的是
关于基因测序的几个问题!
1.在建库过程中,我们是先对RNA进行片段化后合成cDNA还是先用RNA合成cDNA再对cDNA进行片段化?为什么要这样做?
2.什么是index测序和非index测序,进行index测序的主要目的是什么?
3.测序完成后进行序列组装,往往导致组装失败或跟本物种参考基因组比对不上的常见原因是什么?如何查找这类原因?

关于基因测序的几个问题!1.在建库过程中,我们是先对RNA进行片段化后合成cDNA还是先用RNA合成cDNA再对cDNA进行片段化?为什么要这样做?2.什么是index测序和非index测序,进行index测序的主要目的是
根据一些文献的支持,先片段化,效果较好.因为这样的随机性比先合成要好.
2.加入index只是为了区分每个上机样品,便于分析.对结果没有什么目的和影响
3.如果技术试验流程没有问题的话,有的时候是因为物种本身的特殊性,诸如,杂合度过高,重复序列过高.

DNA测序原理和方法
DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原...

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DNA测序原理和方法
DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。
【原理】 ABI PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳，从而避免了泳道间迁移率差异的影响，大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同，在毛细管电泳中的迁移率也不同，当其通过毛细管读数窗口段时，激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测，激发的荧光经光栅分光，以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光，并在CCD摄影机上同步成像，分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列，从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。
它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。PE公司还提供凝胶高分子聚合物，包括DNA测序胶(POP 6)和GeneScan胶(POP 4)。这些凝胶颗粒孔径均一，避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集，分析和仪器运行等软件。它使用最新的CCD摄影机检测器，使DNA测序缩短至2.5h，PCR片段大小分析和定量分析为10～40min。
由于该仪器具有DNA测序，PCR片段大小分析和定量分析等功能，因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析(SSCP)、微卫星序列分析、长片段PCR、RT-PCR(定量PCR)等分析，临床上可除进行常规DNA测序外，还可进行单核苷酸多态性(SNP)分析、基因突变检测、HLA配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。
【试剂与器材】
1．BigDye测序反应试剂盒 主要试剂是BigDye Mix，内含PE专利四色荧光标记的ddNTP和普通dNTP，AmpliTaq DNA polymerase FS，反应缓冲液等。
2．pGEM-3Zf (+) 双链DNA对照模板 0.2g/L，试剂盒配套试剂。
3．M13(-21)引物 TGTAAAACGACGGCCAGT，3.2μmol/L，即3.2pmol/μl，试剂盒配套试剂。
4．DNA测序模板 可以是PCR产物、单链DNA和质粒DNA等。模板浓度应调整在PCR反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒DNA，浓度为0.2g/L，即200ng/μl。
5．引物 需根据所要测定的DNA片段设计正向或反向引物，配制成3.2μmol/L，即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物，如M13(-21)引物，T7引物等。
6．灭菌去离子水或三蒸水。
7．0.2ml或和0.5ml的PCR管 盖体分离，PE公司产品。
8．3mol/L 醋酸钠(pH5.2) 称取40.8g NaAc·3H2O溶于70ml蒸馏水中，冰醋酸调pH至5.2，定容至100ml，高压灭菌后分装。
9．70%乙醇和无水乙醇。
10．NaAc/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/L NaAc混匀，室温可保存1年。
11．POP 6测序胶 ABI产品。
12．模板抑制试剂(TSR) ABI产品

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